Schadstoffe wie Kohlenmonoxid kommen im Rauch der Wasserpfeife sogar in erheblich größerer Menge vor als im Zigarettenrauch (BfR 2015). Im Shisha-Tabak wurden mehr als 4.000 chemische Stoffe nachgewiesen, von denen 200 giftig sind und rund 70 als krebserregend gelten. Besonders gefährlich ist tiefes Einatmen: Der gekühlte Rauch sammelt sich zunächst im Behälter und wird dann mit Wucht eingeatmet. Dadurch tritt die Menge des eingeatmeten Rauchs beim Ziehen schlagartig und intensiver ein.
Langjähriger Wasserpfeifenkonsum kann die Lungenfunktionen verschlechtern und erhöht das Risiko, an Tumoren zu erkranken. Frauen, die während der Schwangerschaft Wasserpfeife rauchen, riskieren zudem Schädigungen ihres ungeborenen Kindes.

Wasserpfeifenrauch setzt sich u.a. zusammen aus hohen Mengen Kohlenmonoxid, Benzol, Nikotin und Teer, außerdem aus einigen krebserzeugenden polyzyklischen aromatischen Kohlenwasserstoffen (PAKs), tabakspezifischen Nitrosaminen (TSNAs), primären aromatischen Aminen (PAAs), Feuchthaltemitteln wie Glycerin und 1,2-Propandiol sowie Carbonylen. Hierfür ist u.a. auch die Wasserpfeifenkohle verantwortlich: Je mehr Kohle in einer Rauchsession verwendet wird, desto höher ist die mögliche Belastung mit diesen gesundheitsschädlichen Stoffen.

Alternativ werden Dampfsteine aus porösem Vulkangestein verwendet, die kein Nikotin enthalten. Sie sind als Tabakersatz mit Aromastoffen getränkt, die beim Erhitzen in Form von Rauch und Nebel freigesetzt werden.

Wasserpfeifen werden sehr häufig gemeinsam von mehreren Personen benutzt. Somit ist auch eine Übertragung diverser Krankheitserreger nicht unwahrscheinlich. Das Risiko einer Ansteckung kann mit der Verwendung von Einmal-Mundstücken vermieden werden.

Nichtraucherinnen und -raucher sollten längere Aufenthalte in den Räumen von Shisha-Cafés aufgrund hoher Feinstaubkonzentration sowie hoher Kohlenmonoxidkonzentration meiden.

Für Nordrhein-Westfalen gilt:

Shisha-Cafés sind gastronomische Einrichtungen im Sinne des Nichtraucherschutzgesetzes NRW. Auch hier gilt ein ausnahmsloses Rauchverbot. Wasserpfeifen mit Shisha-Dampfsteinen oder mit einer Zuckerrohrsubstanz dürfen jedoch dort weiterhin qualmen, solange sie tabakfrei sind (OVG Nordrhein-Westfalen, 01.08.2013 - 4 B 608/13), siehe auch: https://dejure.org/dienste/vernetzung/rechtsprechung?Gericht=OVG%20Nordrhein-Westfalen&Datum=01.08.2013&Aktenzeichen=4%20B%20608/13.